2016第13屆國家新創獎

HiPipe

銜接精準醫學與大數據分析管理的高效能生物資訊平台

2015新創獎

ASHG 2015 reviewers' choice abstract

Varpipe

Whole Genome Analysis in Minutes

2015新創獎
獲獎團隊中的四人相約一起從中央研究院陳垣崇院士團隊出來創業,共同成立道品股份有限公司,希望將基因大數據分析的優化技術與經驗,繼續提昇與擴展,創造一流的產品來服務需要大數據分析的產業。

公司理念

建立以感恩、尊重、愛為核心價值的工作環境,寄望在股東贊同,同事彼此善解、包容、真誠互動的基礎之上,展現出一個合心、和氣、互愛、協力的團隊,大家一起努力發揮專業,與合作夥伴共同將最好的服務,服務到最多的人,成為最可信賴的公司之一

技術基礎與經驗

Hipipe: High performance pipelines for NGS

軟硬體整合,架構靈活,雲端、單機、多機皆可,彈性資料流處理架構,可串接多種分析程式

Varpipe技術

專門設計為Freebayes設計的資料流處理架構,可於55分鐘完成人類全基因體分析

獲獎與論文

獲獎

生策會第十三屆國家學研新創新創獎(2016)

  • 姚文萱、劉傳崑、葉爾瞻、吳行中、林萬嘉、 蕭方智、賴瑞騰、湯正揚、邱耀德、李中饋、蘇仁屏、陳亭均 HiPipe:銜接精準醫學與大數據分析管理的高效能生物資訊平台,是智慧機電及醫資組唯一獲獎的參賽者

ASHG 65 th Annual Meeting 2015 Reviewers’ Choice Abstract

  • Yao, A., Yeh, E.C., Su, J.P., Chiu, Y.D., Chung, D.H., Lin, W.J., Tang, L., Hsiao, F.C., Li, C.K., Wu, H.T., Chen, T.C., Liu, C.K. Varpipe: Whole Genome Variant Analysis in Minutes.

姓名以藍色標記者為目前公司成員

論文

  • Li-Ya Chiu, Priya S. Kishnani, Tzu-Po Chuang, Cheng-Yang Tang, Cheng-Yuan Liu, Deeksha Bali, Dwight Koeberl, Stephanie Austin, Keri Boyette, David A. Weinstein, Elaine Murphy, Adam Yao, Yuan-Tsong Chen, and Ling-Hui Li Identification of differentially expressed microRNAs in human hepatocellular adenoma associated with type I glycogen storage disease: a potential utility as biomarkers Journal of Gastroenterology (2013) DOI 10.1007/s00535-013-0890-2
  • Zhong-Ru Xie, Chuan-Kun Liu, Fang-Chih Hsiao, Adam Yao and Ming-Jing Hwang, LISE: a server using ligand-interacting and site-enriched protein triangles for prediction of ligand-binding sites Nucleic Acids Res. 2013 July; 41(Web Server issue): W292–W296. doi: 10.1093/nar/gkt300
  • Yu-Chang Cheng; Fang-Chih Hsiao; Erh-Chan Yeh; Wan-Jia Lin; Cheng-Yang Louis Tang; Huan-Chin Tseng; Hsing-Tsung Wu; Chuan-Kun Liu; Chih-Cheng Chen; Yuan-Tsong Chen; Adam Yao VarioWatch: providing large-scale and comprehensive annotations on human genomic variants in the next generation sequencing era Nucleic Acids Research 2012 Jul;40(Web Server issue):W76-81. doi: 10.1093/nar/gks397
  • Chuan-Kun Liu, Yan-Hau Chen, Cheng-Yang Tang, Shu-Chuan Chang, Yi-Jung Lin, Ming-Fang Tsai, Yuan-Tsong Chen, Adam Yao. Functional analysis of novel SNPs and mutations in human and mouse genomesBMC Bioinformatics 2008, 9(Suppl 12):S10 (12 December 2008)
  • Yan-Hau Chen, Chuan-Kun Liu, Shu-Chuan Chang, Yi-Jung Lin, Ming-Fang Tsai, Yuan-Tsong Chen, and Adam Yao. GenoWatch: a disease gene mining browser for association study. Nucl. Acids Res. 2008 36: W336-W340; doi:10.1093/nar/gkn214

姓名以藍色標記者為目前公司成員

研發重點

以HiPipe以及Varpipe的經驗與技術,針對GATK4的效能優化,以期達成下列項目優化
  1. 分析效能
  2. 操作流程
  3. 設備使用
  4. 空間使用
  5. 能源使用
  6. 系統維護
  7. 數據管理

產品與服務

NGS大數據分析工作站與雲端分析服務

需要自己進行NGS分析但不熟悉嗎? 我們即將提供NGS分析工作站,具有

  • 操作簡單
  • 學習快速
  • 儲存大數據方便
  • 資料留在內部,不需外送
等特色。提供最新GATK 4.0以上的基因體變異點分析,讓您的分析可以隨時與國際接軌。機種分成單CPU與雙CPU,適合不同效能需求,可以購買也可以租賃。另外也有雲端服務版本。歡迎與我們聯絡。

大數據分析軟硬體系統建構與技術諮詢

軟體

  • 大數據演算法
  • 大數據傳輸
  • 大數據儲存
  • 大數據備份
  • 大數據管理

硬體

  • 運算伺服器
  • 儲存伺服器
  • 網路交換器

環境

  • 空間
  • 空調
  • 不斷電系統
  • 環境監控與通報

大數據分析系統技術諮詢

  • 網格運算
  • 分散式處理
  • 大數據無縫串流

公司團隊

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姚文萱

共同創辦人

現職: 董事長

學歷

UC Berkeley 生物物理博士

主要經歷

中央研究院生物醫學科學研究所研究技師

國家基因體醫學研究中心生物資訊組負責人

台灣人體生物資料庫計畫協同主持人

基因體與蛋白質結構分析高速計算環境建置與維運資源中心使用者委員會委員

台灣工業技術研究院生醫工程中心經理

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劉傳崑

共同創辦人

現職: 總經理

主要經歷

中央研究院國家基因體醫學研究中心生醫資訊資料分析組 資深經理

中央研究院國家基因體醫學研究中心生醫資訊資料分析組 軟體工程師

專長

基因體定序大數據分析與註解 (13年)

軟硬體系統整合 (3年)

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蕭方智

共同創辦人

主要經歷

中央研究院國家基因體醫學研究中心生醫資訊資料分析組 資深軟體工程師

華聯國際生技有限公司 高級工程師

專長

基因資料分析(12年)

RedHat/CentOS Engineer/Architect (8年)

高效能運算 (8年)

叢集(cluster)系統(8年)

程式開發 (6年)

虛擬化(Virtualization)整合 (4年)

雲端(Cloud)整合 (2年)

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李中饋

共同創辦人

主要經歷

中央研究院國家基因體醫學研究中心生醫資訊資料分析組 軟體工程師

億康生物股份有限公司 生物工程師

專長

高效能運算 (7年)

NGS資料分析 (5年)

生物資訊系統開發 (9年)

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賴瑞騰

共同創辦人

主要經歷

中央研究院國家基因體醫學研究中心生醫資訊系統管理組 系統管理工程師

私立大葉大學電算中心系統工程師

美利達工業股份有限分司系統工程師

專長

Linux/Unix 系統管理 (14年)

系統整理與 Cluster建置 (5年)

自動化系統整理與建置 (4年)

即時監控與通報整合與建置 (3年)